一、設立背景
近年來高科技產業大量進駐南台灣，民國86年台南科學園區籌備處正式成立，經濟部工業局在台南市安南區設置台南科技工業區發展半導體、通訊、光電新興工業以及路竹地區亦積極規劃成立智慧型工業區。以上這些科學園區或智慧型工業區內，在未來十年內來極需高科技人才。 然而，目前南部精密機械、光電及機電整合人才嚴重不足，而且更需要跨領域之專長，尤其系統整合之專長，故「系統工程研究所」的成立正因應此領域人才之短缺，並可配合國家經濟發展、產業技術提升之目標，進行南台灣區域性產業人才培訓、建教合作、技術研發與轉移、製程改善與產品開發等對外服務，以增加本所畢業生之競爭力，使之有回饋社會之能力。且為能使本所發展更能聚焦，將於九十八學年度起更名為「機電系統工程研究所」。
二、教育目標
| 1. | 培育學生具備機電系統專業知識及系統整合能力 。 |
| 2. | 培育學生具備獨立研究及合作創新能力 。 |
| 3. | 培育學生具備全球國際宏觀視野及外語溝通能力，以協助地方產業發展。 |
| 4. | 培育學生具備科技人文素養及敬業倫理道德能力 。 |
三、課程規劃
精心規劃傳統核心課程，包括光機電整合、精密機械、資訊工程、電子工程等四大領域，重視各課程之間的連貫性與理論實務的兼籌並顧，使具有完整連貫的系統整合專業學能。
本所教學目標重視整合性科技之知識與技能的學習，廣設多領域的選修學門，並鼓勵學生修習所內外有關電子、資訊、生物、控制等學科，培養其自我學習、獨立開創的能力，使能適應高度發展、劇烈變遷的科技社會，並培養學生具有新世紀工程特質 ，特質如下：
| 1. | 熟知基本工程科學。 |
| 2. | 熟知設計與製造程序。 |
| 3. | 具有跨領域與系統化之視野。 |
| 4. | 對工程之應用背景有基本了解。 |
| 5. | 優良的溝通技能。 |
| 6. | 高工程論理標準。 |
| 7. | 具有創意與判斷的思維能力。 |
| 8. | 具有快速改變的彈性適應力。 |
| 9. | 終身學習之強烈慾望。 |
| 10. | 強烈了解團隊精神之重要。 |
| 11. | 全球化之認知。 |
四、師資陣容
本所現有專任教師有五位，四位教授、一位助理教授，兼任學術及業界師資數名。未來逐年延攬具系統工程整合能力、產業實務經驗豐富、教學熱誠與研究卓越之教師。
五、特色與展望
| 1. | 培育具有解決系統工程整合問題之高級人才。 |
| 2. | 積極推動國內外產官學研之學術交流與實務合作。 |
| 3. | 發展跨領域之新產品開發與創新技術之研究。 |
六、學生出路
| 1. | 可受雇於精密機械、機電整合、自動控制、光電等系統整合性之產業,擔任設計開發、製造、管制、檢驗等工作。 |
| 2. | 學生畢業後即可報考博士班或出國深造。 |