一種燃料電池電力控制系統。此系統係用來控制燃料電池所輸出之電力。燃料電池電力控制系統包含電流偵測模組、電壓偵測模組、溫度偵測模組、燃料流量偵測模組以及中央控制單元。電壓偵測模組係用以偵測燃料電池之每一電池區段之電壓值。溫度偵測模組、電流偵測模組與燃料流量偵測模組係用以偵測燃料電池之工作溫度值、電流值與燃料流量值。中央控制單元係用以根據測得之數值以及預設之電流閥值、電壓閥值、溫度閥值、流量閥值來判斷燃料電池是否發生異常。當燃料電池發生異常時，中央控制單元關閉燃料電池之燃料閥來停止燃料電池工作。