甄試入學
※ 辦理時程：每年9~11月期間。
※ 招收名額：一般生8名（114 學年度）
※ 學校系統：國立臺南大學 日間碩博士班招生系統
※ 修業要點：國立臺南大學 生物科技學系碩士班修業要點
考試入學
※ 辦理時程：每年12~3月期間。
※ 招收名額：一般生4名（114 學年度）
※ 學校系統：國立臺南大學 日間碩博士班招生系統
※ 修業要點：國立臺南大學 生物科技學系碩士班修業要點
預研生
※ 辦理時程：每年4~5月期間。
※ 招收條件：就讀本系達六學期以上，修畢應修畢業學分達二分之一以上。
※ 相關法規：生物科技學系碩士班預備研究生甄選要點
※ 修業要點：國立臺南大學生物科技學系碩士班預備研究生甄選要點